基於國際著名藥學院系長遠發展架構之考量，臺大藥學專業學院(以下稱為本院)結合臺大藥學系、臨床藥學研究所、及藥物研究中心等三個單位，於2013年3月獲校方通過成立，並於同年5月經教育部核准設立，由顧記華教授擔任第一屆院長。適值藥學大樓「水森館」落成－此建築為傑出校友許照惠博士所捐建，全院各單位皆進駐於本大樓：此外， 藥物化學實驗室則進駐於比鄰之公共衛生學院大樓9樓，確立本學院的整體發展空間。在學院架構下，有專任、兼任與合聘教師，及臨床教師、技術指導專家、 臨床藥學指導教師等超過百位師資來共同教學。未來本院院務蓬勃發展後，希望能於相鄰水森館之處，再建藥學二館，最終朝向獨立藥學院努力。

　　本校藥學系每年約招收50位學生，研究所則招收24名碩士班及8名博士班研究生，還有分子醫藥學程及中草藥學程學生，臨床藥學研究所則招收10名碩士班及3名博士班研究生，課程內容則根據本院教育理念「培育優良藥師、力行創新服務、服務社會人群、及奉獻領導藥界」而做設計，輔以藥物研究中心的研究平台，以期本院能善盡社會之責任，培養具社會關懷與全球視野之藥學專業人才，秉持藥學專業知識及倫理規範，從事創新之藥事服務及藥學研究發展，為社會創造更好的用藥環境，及創造出更多的藥學價值。

　　本人將接續前人之努力，以專業、科學、及人文為核心，朝5大目標努力：

1. 教學精進、吸引國內外頂尖人才。
2. 研究提升、空間規劃、爭取經費及善用人力資源。
3. 強化師生同仁及系友凝聚力。
4. 建立國際知名研究團隊。
5. 增加對國家社會影響力。

　　過去藥學院系師長們都立下良好典範，對於後進提攜不餘遺力，我們都願意效仿孫雲燾教授的精神，成為藥學專業學院永遠的藥園丁繼續照顧及灌溉屬於我們的藥學院。在所有師長及系友的指導與協助下，秉持臺大優良的傳統，在本院擁有一流的師資，臺灣最優秀的學生及傑出畢業的校友的優勢下，為建構Great School of Pharmacy一同努力。